Die Cranio-Sacral-Therapie beruht unter anderem auf der Annahme, dass die rhythmischen Pulsationen der Gehirn-Rückenmarksflüssigkeit (Liquor cerebrospinalis) sich auf die äußeren Gewebe und Knochen übertragen und ertasten lassen. Die Einzelknochen der Schädelkalottewerden als gegeneinander beweglich angesehen.
Durch Berührung des Körpers will der Therapeut Informationen über mögliche Blockaden dieser Bewegung sammeln und dadurch auf Funktionseinschränkungen einwirken, sowie indirekt auch Membranen innerhalb des Schädels (Falx cerebri, Tentorium, Falx cerebelli) und die harte Hirnhaut (Dura mater) beeinflussen. Dieses Vorgehen soll einen angenommenen „Energiefluss“ verbessern und Selbstheilungskräfte aktivieren sowie Funktionseinschränkungen und seelische Traumata lösen.